Тас дәуірінен бастау алып, заманның небір құбылысынан өткен Мұғалжар тарихы аса күрделі, өте бай. Сонау жер жаһанды су жайлаған ғасырда бұл өңірді мұхит басып жатыпты-мыс. Мұғалжар тауының алуан бедерлі болып, жер бетінде пайда болуының өзі палеозой дәуіріне тиесілі көрінеді. Қойнауы тылсымға толы кәрі Мұғалжар тарихы алғаш рет «Мұғалжар энциклопедиясы» үшін жазылды. Тарихтың бедері мен зерттеушілер дерегін ішіне сыйғызған энциклопедия 2011 жылы жарыққа шыққан болатын. Мұғалжар анықтамалығынан аудан тарихынан тәбәрік болар үзінді ұсынамыз.
Р.А.Сегединнің «рассказ о геологии Актюбинской области и богатствах ее недр» деген еңбегінде Мұғалжар таулы аймағын ықылым замандарда теңіз басып жатқан болуы кәдік деген дерекке негізделген болжам айтылады. Мұғалжар тауының баурайындағы құмдарда акуланың тістері өте көп деңгейде көмілген. Ал құмдақтарда ағаш жапырақтардың белгілері мен малюска бақалшығы табылды. Жануарлар мен өсімдіктер дүниесінің дәл осындай қалдықтары Ембі мен оның саласы Құндыздыда да кездесті. Бұл-Мұғалжар тауының етегінде палеоцен және эоценнің бірінші жартысында тұңғиығында малюскалар мен акулалар өмір сүрген ашық теңіз болғанын айғақтайды. Ал теңіз жағасы субтропикалық мәңгі жасыл үлкен жапырақты орманмен көмкеріліп жатқан. Желмен ұшқан жапырақтар теңізге түсіп, құмда көміліп қалып, біздің кезеңге өткеннің белгісі іспетті жетті. Кейінгі эоценда Ор-Елек биіктігі мен Мұғалжардан батысқа қарай жатқан аймақта теңіз тартылады. Осы кезеңдерден бүгінде ақ және жасыл косослосты таза кварцты құмдар мен қатты кварцты құмдақтар сақталған. Оларды Мұғалжар стансасы аумағы мен Ембі және Ор су айрықтарында кездестіруге болады. (73,78-79 б.б.). Бұл Мұғалжар тауының пайда болуы туралы ғылыми деректі қуаттай түседі. Жер қыртысының даму тарихы бес эраға бөлінеді. Ең алғашқы тіршілік бастамасы-жердің көне тарихына байланысты. Бұл уақыт архей (грекше «археос»-көне тіршілік деген мағынада) деп аталады. Одан кейінгі уақыттар протерозой (грекше «протерос»-алғашқы), палеозой (грекше «палеос»-ескі),мезозой (грекше «мезос»- орта), кайназой (грекше «кайнос»-жаңа) болып бөлінеді. Палеозойдың аяғына таман жүзеге асқан герциндік тау түзілу процесі кезінде Мұғалжар өңірі де көтерілді. Алғашқы кезде бұл аймақтардың даму дәрежесі ұзақ уақыт бір деңгейде болып, теңіз суы басып жатқан. Кейін ұланбайтақ теңіз орнында таулар пайда бола бастады. Мұғалжар герцин (кейінгі палеозой ) қатпарлы аймағына жатады. Бұл аймақтың негізін құрайтын тау жыныстары көп жерлерде жер бетіне шығып жатады, ал ойыс жерлерін мезозой және кайназойдың борпылдақ жыныстары жауып жатыр. Палеозойға дейінгі жыныстар ең ежелгі кезеңде қалыптасты. Ол күшті үгітілу нәтижесінде таулы аудандардың орталық қырқаларында жер бетіне шығып жатады. Кристалды тақтатастар мен гнейстердің жер бетіне шығып жатқан жерлері Мұғалжар тау жотасында да байқалады. Қазақстан туралы алғашқы деректі Геродот (Б.з.д. V ғ.) өзінің «Тарихына» кіргізген . Ол Каспий теңізінің алып жатқан орнын, оның басқа сулармен жалғаспайтын тұйық алап екенін, солтүстік пен оңтүстікке созыла біткен жалпы пішінін көрсеткен. Геродот жасаған «Жер пішіні» картасында Ембі (Жем) өзені «Сергис» деген атаумен көрсетілген. Орта Азия мен Қазақстан жеріне ислам дінінің таралуына байланысты VII-VIII ғасырлардан бастап араб саяхатшылары келе бастайды. Олар жолжазбаларында қосымша сұрастырып білген мәліметтермен толықтырып, бірсыпыра деректер қалдырған. Сол уақытта ислам дінін насихат еткен араб жиhaнкездерінің Мұғалжар өңіріне де табаны тигенге ұқсайды. Мұғалжар тауы бөктерінде халық Араб әулие деп атап кеткен адамның сүйегі жатыр деген аңызәңгіме бар ел ішінде. Көнекөздердің айтуынша, бұл аңыз-адам Мұғалжар өңіріне 8-9 ғасырларда ислам дінін ту етіп келген бейбіт жиhaнгез екен-міс. Ықылым заманнан дерек ескен бұл адамды жергілікті халық араб әулие деп атап кеткен. XIII ғасырдан бастап Орта Азия мен Қазақстанға еуропалық саяхатшылар мен елшілер келе бастады. Олардың ішінде біз италияндық Плано Карпини (1245ж.) мен француз Вильгельм де Рубруктің (1253) саяхаттары маңызды. Рубрук жолжазбаларында Мұғалжар тауы туралы сипаттама береді. Жалпы батыс Қазақстан, оның ішінде Ақтөбе өңірін зерттеу еңбектерінен ұғып үлгергеніміз, Мұғалжар тауының ежелгі дәуірде де, патшалық Ресей үстемдік еткен заманда да стратегиялық маңызы артық болған. Алайда, зерттеу еңбектерінің дені осы аймаққа ат тұяғы тиген жолаушының жолжазбаларына саяды. Қазақстанның алғашқы топографиялық картасын орыс зерттеушілері 17 ғасырдың соңында қағазға түсіре бастады. Соның ішінде 1672-1689 жылдары жазылған сібірлік А. А.Виниустың картасында тұңғыш рет Ембі өзені, Мұғалжар тауы кескінделген. ӘлІдірістің «Нузхат Әл муштак» еңбегінде көрсетілгендей, «Мұғоджар» өңірінде Даранда және Дарку атты шағын қала-бекіністер болған. Бірақ бұл бүгінге дейін зерттеу ісінің кемшіндігіне байланысты, әлі де ғылыми нақтылауды қажетсініп отырған мәселе. Одан беріректе маңғыстаулық ғалым С.Қондыбай Ембі өзенінің бойында ежелгі Ащыбас-Шат қаласының болуы кәдік деген болжам айтты. Ұлт тарихына қосар үлесі қомақты және құнды көрінген ғалымның бұл болжамын 2000 жылдары өткеннің өзегін табуға талаптанған Қазақстан–Ресей біріккен археологиялық экспедициясы да қуаттай түскендей болып еді. Олар осы жылдары Мұғалжар тауының батыс беткейінен, Жем өзенінің жоғарғы ағысынан палеолит дәуірінен сақталған тұрақтар кешенін тапты. Ежелгі дәуір адамдарының қолынан шыққан, ақшыл сұр және қызғылт түсті ірі түйіршікті кварцты құмтастардан жасалған алты мыңға жуық тас құралдар табылды. Архелогтар мұны палеолит тұрғындары тұрмыстық мақсатта пайдаланған деп болжайды. Сірә, тау бөктерінде шикізаттың мол кездесуі, алғашқы қоғамдық құрылыста адамдардың түрлі еңбек құралдарын жасауына мүмкіндік берген болуы керек. Осы жерде ежелгі ашель заманына тән шапқылар, тасбақа пішіндес өзектастар қырғыштар кездеседі. Археологтар мен ғалымдардың пайымдауынша, олардың Қаратау, Маңғыстау мен Сарыарқа жерлеріндегі палеолиттік ескерткіштермен технологиялық және типологиялық жағынан ұқсастығы байқалады. Бір бұл ғана емес, таудың шығыс өңірінен табылған тастардан ғалымдар осыдан төрт мың жыл бұрынғы тіршілік тамырының соғысын есіткендей болды: бірі сақ, сармат, енді бірі қола дәуіріне жататын екі үңгір табылған. Жем өзенінің бойынан орта ғасырлық қаланың ізі және табылды. Әлібекмола кенішінің маңында қола, тас дәуіріне жататын қорғандар анықталды. Ащы өзенінің Жемге құяр тұсындағы Алкелді төбесінен дерегі байқалған ескі қаланың ұзындығы 500 метр, ені 200 метрге дейін созылып жатыр.Бұл ежелгі Ащыбас-Шат қаласының орны болуы кәдік деген болжам және айтылды. Ақтөбе облыстық тарихи мәдени-мұраларды қорғау инспекциясының археологиялық зерттеулерінің барысында Мұғалжар тауларынан тас дәуірінен қалған көне ескерткіштер табылған. Ғалымдардың айтуынша, бұл жерде де осыдан 205-300 мың жыл бұрынғы адамдардың 50 ден аса қонысы кездеседі. 10 мың жыл бұрынғы үңгірлер, ондағы петроглифтер, Мұғалжардың шығыс бетіндегі қола, темір дәуірінің археологиялық қорғандары, орта ғасырлардағы мавзолей үйінділері және бар. Бұл ұлт қана емес, тіршілік тамырына қан жүгірген уақыттан бастап жер бетінде түрлі адам факторының қатысуымен орын алған тарихи оқиғалар мен құбылыстарға куә болып тұрған қарт Мұғалжар тарихының бізге белгілі болып үлгерген бір парасы ғана болуы кәдік. Орыс зерттеушілерінің еңбектерінде Оңтүстік Оралдың жалғасы Мұғалжар тауы кейде «Малғазыр», «Мұғоджар» деп те кездеседі. «Мұғоджар таулары Орынбордың шығыс беткейінде салт атпен сегіз күншілік жер. Оның ұзындығы он бес, ені бес шақырымға дейін созылып жатыр. Жан-жағында көк терек, үйеңкі, шоқ талдар орманы бар, ал жоғарғы жағында орман кездеспейді. Аң-құстан мұнда түлкі, қасқыр, қарсақ көп деп айтылады. Жаз кездерінде осы аралықта Кіші Орданың қайсақтары (қазақтары) көшіп-қонып жүреді». “Естественная история Оренбургского края” (“Орынбор өлкесінің табиғат тарихы”) XIX ғасырдың 90 жылдары Орынбор ғылыми археология комиссиясы құрылады. Осы уақытта геолог Приговорскийдің қазіргі Мұғалжар стансасының солтүстігінен және солтүстік шығысынан көне зират пен «Тас адам» балбалын тапқаны жария етіледі…
«Мұғалжар энциклопедиясынан» алынды